دیوید کهن، معاون خزانه داری آمریکا گفت: "ما با نشان دادن اینکه چگونه معامله مخفیانه ایران و القاعده به اعضای این سازمان اجازه داده آزادانه در این کشور رفت و آمد کنند و وجوهی را به سوی این شبکه هدایت کنند، بار دیگر حمایت ایران را از تروریست ها ثابت کردیم."
وزارت خزانه داری آمریکا شش عضو القاعده را که با ایران همکاری دارند در فهرست سیاه قرار داد. یک تبعه سوریه به نام عزالدین عبدالعزیز خلیل، که به یاسین الثوره نیز معروف است، نظارت بر مجرای ارتباطی خلیج-ایران-ـ پاکستان را برعهده داشته است. منابع مالی جمع آوری شده از طریق سیستم حواله ای، بخصوص از کویت و قطر، فرستاده می شده است. عاملینی که از طریق ایران سفر می کردند باید 10 هزار دلار در زمان ورود به پاکستان پرداخت می کردند. خلیل همچنین در مذاکرات آزاد کردن عضو القاعده از زندان های ایران شرکت داشته است.
عطیه عبدالرحمان شخصا توسط بن لادن به عنوان نماینده القاعده در ایران انتخاب شده و مدیریت گردآوری پول و پرسنل و هدایت آنها به سوی پاکستان را بر عهده داشته است. گفته می شود الرحمان در حال حاضر فرمانده عملیاتی القاعده است و در برنامه ریزی عملیات دهمین سالگرد 11 سپتامبر با بن لادن همکاری داشته است. این امر رابطه الرحمان با ایران را بازهم خطرناک تر می سازد.
تحریم ها همچنین علیه امید محمدی نیز اعمال شده است که گفته می شود بمبگذاری درعراق را از سوی القاعده بر عهده داشته و نیز در مذاکرات آزاد سازی زندانیان در ایران شرکت داشته است. سه نفر دیگری که توسط خزانه داری آمریکا در فهرست سیاه قرار گرفته اند در طرف دیگر این خط انتقال در خلیج فارس قرار داشتند. سالم حسن خلیفه رشید الکواری، به اتهام ارتباط با القاعده در قطر در بازداشت است. او با عبدالله غنیم موفاز مسلم الکواری کار می کرده است. نفر ششم علی حسن علی العجیم در کویت مستقر است و از القاعده در عراق و طالبان، علاوه بر بخش القاعده مستقر در پاکستان، حمایت می کند.
خزانه داری آمریکا قبلا هم اعضای القاعده را در ایران تحریم کرده است. در ژانویه 2009 چهار عضو شورای القاعده در ایران، از جمله سعد بن لادن، بزرگترین فرزند بن لادن، مورد تحریم قرار گرفتند. گفته می شود وی، پس از ترک محیط امن خود در ایران، در یکی از حملات هواپیماهای بدون سرنشین در پاکستان کشته شده است. یکی دیگر از افراد تحریم شده فردی است که درمذاکرات پناه دادن به اعضای القاعده از جمله خانواده ایمان الظواهری، شرکت داشه داشته است. یکی دیگر از این افراد بر شبکه القاعده در زاهدان نظارت داشته و حملات علیه اسرائیل را هدایت می کرده است.
مصطفی حمید متهم به مذاکره برای پناه دادن اعضای القاعده در افغانستان از طریق ایران است (احتمالا مذاکراتی که اخیرا فاش شده است). وی در اواخر سال 2001 به تهران رفت و به عنوان رابط میان رژیم و طالبان عمل می کرده است. در سال 2002 او به رابط میان سپاه پاسداران ایران و یکی از رهبران ارشد القاعده، سیف العادل تبدیل شد. او همچنین معامله ای برای پناه دادن به اعضای القاعده در ایران انجام داده است. نزدیک به 40 عضوخانواده بن لادن تحت محافظت سپاه پاسداران در ایران به سر می برند. حتی شواهدی دال بر سفر بن لادن به ایران پس از اشغال افغانستان وجود دارد.
کمیسیون تحقیق در باره واقعه 11 سپتامبر دریافته است که ارتباط ایران و القاعده به سالهای 1990 در سودان باز می گردد. این همکاری در اواخر 1991 یا 1992 زمانی که شیخ حسن الترابی، رهبر اخوان المسلمین سودان، سعی کرد افراطیون شیعه و سنی را به هم نزدیک کند آغاز شد. ایران سپس به آموزش اعضای القاعده برای ساختن بمب پرداخت و آنها را در زمینه اطلاعات و امنیتی آموزش داد.
این کمیسیون گفته است که ایران در انفجار حبر در عربستان سعودی در سال 1996 دست داشته است. ایران و حزب الله در آموزش القاعده در امور تروریستی، ازجمله بمب گذاری در کامیون ها شرکت داشته است که منجر به انفجار سفارتخانه های آمریکا در 1998 شد.
پس از حمله القاعده به ناو آمریکا یو اس اس کول، ایران تمایل بیشتری به نزدیکی با القاعده پیدا کرد، ولی بن لادن به دلیل نگرانی در مورد از دست دادن حمایت عربستان سعودی از این نزدیکی پرهیز داشت. کمیسیون تحقیق واقعه 11 سپتامبر دریافته است که 8 تا 10 نفر از هواپیما ربایان شرکت کننده در این واقعه در فاصله اکتبر 200 و فوریه 2001 از طریق ایران سفر کرده بودند. شواهد قوی در دست است که سفر آنها را حزب الله هماهنگ کرده بود. در حال حاضر پرونده ای در حال تشکیل است که ایران و حزب الله را به داشتن مسئولیت در حملات 11 سپتامبر متهم می کند.
ایران برعکس ادعا می کند دشمن القاعده است. کمیسیون در فصل 7 به این نتیجه رسیده است که "بعد از وقایع 11 سپتامبر ایران و حزب الله سعی کردند تمام ارتباطات قبلی خود را با تروریست های سنی که با القاعده مرتبط بودند، پنهان کنند."
دولت اوباما تائید کرده است که ایران همچنان پس از وقایع 11 سپتامبر تا به امروز با القاعده همکاری داشته است. ژنرال پتراوس نیزبه نقش ایران در حمایت از القاعده اشاره کرده است. ژنرال پتراوس، رئیس جدید سازمان سیا سال گذشته به کنگره گفت ایران "ستاد مهم تسهیل کننده روابط و ارتباطات القاعده درمنطقه است."
